Sinds november 2012 heeft de gemeente een bomenverordening vastgesteld waardoor bomen op particuliere grond vogelvrij zijn verklaard. Voor het kappen van deze bomen is geen omgevingsvergunning meer nodig tenzij de boom op de groene kaart staat. Dit zorgt, zeker in de laatste dagen voor het begin van het broedseizoen, voor een kaalslag in Leiden. Voor GroenLinks Leiden was dit een belangrijke reden om tegen deze bomenverordening te stemmen. Voor bomen in de openbare ruimte is wel een kapvergunning nodig.
De bomenkap zonder vergunning heeft ervoor gezorgd dat de gemeente een bedrag van € 23.559,- in het Bomenfonds heeft moeten storten. Daarnaast heeft de gemeente door het te laat beslissen op de bezwaarschriften een bedrag van € 4000,- moeten betalen aan de Bomenbond. Hoewel GroenLinks blij is dat er geld voor herplant beschikbaar komt, ziet zij liever dat er zo min mogelijk bomen in Leiden (en de rest van de wereld) gekapt worden. Om daar aandacht voor te vragen heeft GroenLinks het college vragen gesteld over hoe het zo ver heeft kunnen komen dat de eigen gemeente geen goede aanvragen heeft ingediend, hoeveel bomen er van het bedrag herplant kunnen worden en of deze bomen in wijken met weinig groen geplaatst kunnen worden.